ChIP-seq, RNA-seq et Hi-C : traitement, analyse et visualisation de données
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CNRS Formation Entreprises
Domaine de formation :
Sciences
Type de formation
:
Initiale
Lieu
:
Hérault
Date de début
: Non définie
Date de fin
: Non définie
Public concerné par cette formation
:
Référence interne
:
5872&201021
Description de l'offre
:
- Savoir planifier une expérience simple de type ChIP-seq ou RNA-seq
- Savoir évaluer la qualité des données obtenues dans le cadre de la régulation des gènes (ChIP-seq) et de l'analyse du transcriptome (RNA-seq)
- Maîtriser les principales méthodes et outils d'analyse des données ChIP-seq et RNA-seq
- Savoir les visualiser dans un navigateur de génome et en extraire les coordonnées des pics enrichis
- Savoir manipuler et annoter les fichiers d'enrichissement (bedtools)
- Maîtriser les principales méthodes d'analyse des données Hi-C et de génération des cartes de contact chromosomique
- Savoir évaluer la qualité des données obtenues dans le cadre de la régulation des gènes (ChIP-seq) et de l'analyse du transcriptome (RNA-seq)
- Maîtriser les principales méthodes et outils d'analyse des données ChIP-seq et RNA-seq
- Savoir les visualiser dans un navigateur de génome et en extraire les coordonnées des pics enrichis
- Savoir manipuler et annoter les fichiers d'enrichissement (bedtools)
- Maîtriser les principales méthodes d'analyse des données Hi-C et de génération des cartes de contact chromosomique
Profil du candidat
:
Ingénieurs et chercheurs biologistesPrérequis : une connaissance des lignes de commande sous Linux peut être utile mais non nécessaire. Un rappel des fondamentaux sera proposé.
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