Les missions du Département comptable sont, outre l'exécution des dépenses et des recettes, l'exécution et la comptabilisation des opérations relatives à la dette de l'Etat ou garantie par celui-ci, les opérations de couverture des risques financiers de l'Etat, les opérations relatives à la trésorerie de l'Etat effectuées en liaison avec les instituts d'émission, les correspondants du Trésor et institutions internationales ainsi que les participations financières de l'Etat et les créances rattachées à ces participations. Il assure également la tenue du compte de la Commission européenne retraçant les versements entre la France et l'Union européenne. Par ailleurs, le DCM supervise le service en charge des missions d'agent comptable de la Caisse de la dette publique (CDP) et de la Caisse d'amortissement de la dette sociale (CADES) du SCBCM.